Guidance documents
Evropská komise vědoma si značných rozdílů úrovně vodního hospodářství členských zemí EU se rozhodla, že podpoří proces zavádění a realizace WFD v jednotlivých zemích. Vypracovala společně s členskými zeměmi „Strategii společného zavádění WFD (CIS – Common Implementation Strategy)“. Cílem této strategie je podpora zavádění WFD pomocí zpracovaných metodických pokynů, tzv. guidance documents, které jednotným a srozumitelným způsobem popisují a upřesňují klíčové otázky WFD.
Na zpracování těchto guidance documents se podíleli odborníci z mnoha členských států. Jednotlivá témata byla zpracována příslušnými pracovními skupinami.
Členské země se při zpracování vlastní strategie o ně opírají a vycházejí z nich. Velký význam mají zejména pro mezinárodní povodí, kde tvoří společnou a sjednocující výchozí základnu pro nutnou a požadovanou koordinaci opatření plánovaných a realizovaných ve společné oblasti povodí.
Do roku 2004 byly vypracovány guidance documents týkající se tématických oblastí:
- identifikace vodních útvarů;
- voda a ekonomie;
- analýza vlivů a dopadů;
- silně ovlivněné a umělé vodní útvary;
- vody pobřežní a brakické – hodnocení ekologického stavu;
- interkalibrace – výběr míst a procedura;
- monitoring;
- geografický informační systém – GIS;
- spolupráce s veřejností;
- řeky a jezera – hodnocení ekologického stavu;
- proces plánování;
- mokřady.
Pilotní povodí
Evropská komise si ověřuje vhodnost a reálnost použití guidance documents na tzv. pilotních povodích. Těch bylo v roce 2004 celkem 15. Počet nemusí být konečný, tak jako nemusí být konečný počet guidance documents.
V těchto povodích se v předstihu a v reálných podmínkách testují vybrané guidance documents.
Výsledky jsou předávány Evropské komisi, která je vyhodnocuje a případně zpětně promítá získané zkušenosti do „Společné strategie“ a testovaných guidance documents, a současně jsou zkušenosti uplatňovány ve všech oblastech povodí s podobnou problematikou.

V oblasti povodí Odry běžel mezinárodní pilotní projekt povodí Lužické Nisy, který testoval guidance documents řešící:
- analýzu vlivů a dopadů,
- klasifikaci vod a referenční podmínky,
- monitoring.