Głównym jego zadaniem jest wspieranie działań Komisji, jej Przewodniczącego oraz grup roboczych. Sekretariat przygotowuje posiedzenia Komisji i narady Przewodniczących Delegacji, a także spotkania grup roboczych. Ponadto zapewnia obieg korespondencji pomiędzy członkami Komisji i zabezpiecza przekład dokumentów oraz tłumaczenie symultaniczne/konsekutywne podczas posiedzeń i narad.

Od momentu rozpoczęcia pracy Sekretariatu w roku 1996 zakres jego zadań nieustannie wzrastał, tak że obsada Sekretariatu MKOOpZ w roku 2002 składała się z pięciu osób: dyrektora Sekretariatu, pracownika merytorycznego, tłumacza, specjalisty ds. organizacji i głównego specjalisty ds. finansowych. Od stycznia roku 2003, w związku z rozszerzonym zakresem zadań Komisji, został on uzupełniony o nowego pracownika merytorycznego i tłumacza.

Dyrektorem Sekretariatu Tymczasowego był pan Alfred Dubicki (1996-1999), pierwszym Dyrektorem Sekretariatu stałego był pan Hartmut Müller (2000-2001), następnie pan Leopold Zubek (2001-2006), a obecnym jest pan Piotr Barański (od maja 2006 roku).